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介紹分子動(dòng)力學(xué)(Molecular Dynamics,MD)模擬是一套分子模擬方法,是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡,可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過(guò)對(duì)研究體系的動(dòng)態(tài)模擬,我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的自
4006863985 立即咨詢(xún)分子動(dòng)力學(xué)(Molecular Dynamics,MD)模擬是一套分子模擬方法,是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡,可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過(guò)對(duì)研究體系 的動(dòng)態(tài)模擬,我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的自組裝過(guò)程。它是理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法的有力補(bǔ)充,廣泛應(yīng)用于物理、化學(xué)、材料科學(xué)和生物醫(yī) 藥等領(lǐng)域。 適合的研究方向包括:生物、生化、醫(yī)藥、醫(yī)學(xué)、藥物、高分子、食品、材料、環(huán)境等。 常用軟件:Autodock、Desmond、Gromacs、Lammps、AlphaFold、RosettaFold等。 1.蛋白三維模型搭建,如同源建模、從頭建模等。 2.分子對(duì)接,如蛋白質(zhì)-小分子,核酸-小分子,小分子-小分子,蛋白-蛋白,蛋白-多肽,蛋白-核酸等。 3.生物三維結(jié)構(gòu)分析,蛋白質(zhì)及核酸三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),蛋白及核酸在不同pH、溫度、電場(chǎng)下的三維結(jié)構(gòu)變化等。 4.動(dòng)力學(xué)研究,如生物體系的弱相互作用分析、受體-配體組裝過(guò)程、結(jié)合自由能分析,材料體系的高分子構(gòu)象預(yù)測(cè)、材料與溶液界面性質(zhì),粗?;M等。 5.動(dòng)力學(xué)后數(shù)據(jù)分析,如回旋半徑(RMSF)、徑向分布函數(shù)(RDF)、擴(kuò)散系數(shù)、RMSD、各種能量分析、氫鍵數(shù)量分析、親疏水性分析等。 6.藥物相關(guān)內(nèi)容,如藥物衍生物庫(kù)設(shè)計(jì)、虛擬篩選、成藥性預(yù)測(cè)、毒性分析、QSAR預(yù)測(cè)模型構(gòu)建等。 1.分子對(duì)接 2.自組裝 3.分子動(dòng)力學(xué)模擬 4.分子-細(xì)胞膜作用介紹
可計(jì)算內(nèi)容
常見(jiàn)計(jì)算內(nèi)容
介紹有限元法(Finite Element Method, FEM)是一種將連續(xù)體視為若干個(gè)有限大小的單元 體的離散化集合,以求解連續(xù)體熱、力、電磁問(wèn)題的數(shù)值方···...
介紹量子化學(xué)(quantum chemistry)是理論化學(xué)的一個(gè)分支學(xué)科,是應(yīng)用量子力學(xué)的基本原理和方法研究化學(xué)問(wèn)題的一門(mén)基礎(chǔ)科學(xué)。研究范圍包括穩(wěn)定和不穩(wěn)定分···...
介紹第一性原理計(jì)算的基本思想是將多個(gè)原子構(gòu)成的體系看成是由多個(gè)電子和原子核組成的系統(tǒng),并根據(jù)量子力學(xué)的基本原理對(duì)問(wèn)題進(jìn)行最大限度的“非經(jīng)驗(yàn)性”處理。它只需要5個(gè)···...
介紹分子動(dòng)力學(xué)(Molecular Dynamics,MD)模擬是一套分子模擬方法,是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡···...