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簡介分子動(dòng)力學(xué)(Molecular Dynamics,MD)模擬是一套分子模擬方法,是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡,可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過對研究體系的動(dòng)態(tài)模擬,我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的
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Dynamics,MD)模擬是一套分子模擬方法,是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡,可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過對研究體系的動(dòng)態(tài)模擬,我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的自組裝過程。分子動(dòng)力學(xué)模擬是理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法的有力補(bǔ)充,廣泛應(yīng)用于物理、化學(xué)、材料科學(xué)和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域。 適合的研究方向包括:生物、生化、醫(yī)藥、醫(yī)學(xué)、藥物、高分子、食品、材料、環(huán)境等 蛋白三維模型搭建,如同源建模、從頭建模等 分子對接,如蛋白質(zhì)-小分子,核酸-小分子,小分子-小分子,蛋白-蛋白,蛋白-多肽,蛋白-核酸等 生物三維結(jié)構(gòu)分析,蛋白質(zhì)及核酸三級結(jié)構(gòu)預(yù)測,蛋白及核酸在不同pH、溫度、電場下的三維結(jié)構(gòu)變化等 動(dòng)力學(xué)研究,如生物體系的弱相互作用分析、受體-配體組裝過程、結(jié)合自由能分析,材料體系的高分子構(gòu)象預(yù)測、材料與溶液界面性質(zhì),粗?;M等 動(dòng)力學(xué)后數(shù)據(jù)分析,如回旋半徑(RMSF)、徑向分布函數(shù)(RDF)、擴(kuò)散系數(shù)、RMSD、各種能量分析、氫鍵數(shù)量分析、親疏水性分析等 藥物相關(guān)內(nèi)容,如藥物衍生物庫設(shè)計(jì)、虛擬篩選、成藥性預(yù)測、毒性分析、QSAR預(yù)測模型構(gòu)建等 常用軟件:Autodock、Desmond、Gromacs、Lammps、AlphaFold、RosettaFold等 自組裝 分子對接 分子動(dòng)力學(xué)模擬 軌道分析-RMSD 軌道分析-RMSF 作用力分析 分子-細(xì)胞膜作用簡介
可以計(jì)算的內(nèi)容包括:
常見計(jì)算內(nèi)容(不限于以下內(nèi)容)